Co do zasady w UKSW nie będzie wypłaty wynagrodzenia za godziny nadliczbowe. Pracę należy organizować w taki sposób, aby nadgodziny nie były generowane. W szczególnej sytuacji, gdy wystąpi konieczność pracy poza normalnymi godzinami pracy lub w dniu wolnym, należy udzielić czasu wolnego lub dnia wolnego.

Wynagrodzenie za nadgodziny może być wypłacone wyłącznie w wyjątkowej sytuacji, na umotywowany wniosek kierownika jednostki, złożony do Biura Kadr przed wykonaniem pracy w godzinach nadliczbowych. Po złożeniu wniosku zostaje on przekazany do opinii Dyrektora Personalnego, który nadzoruje przestrzeganie i prawidłowe stosowanie przepisów prawa pracy, w tym przepisów o czasie pracy, jak również do opinii Kwestora w sprawie dostępności środków finansowych. Zaakceptowany wniosek zostaje przekazany do akceptacji Prorektora lub Kanclerza, stosownie do podległości merytorycznej jednostki, w której zatrudniony jest pracownik, a następnie do ostatecznej decyzji Rektora.