Wydział Biologii i Nauk o Środowisku
Wydział Filozofii Chrześcijańskiej
Wydział Matematyczno – Przyrodniczy. Szkoła Nauk Ścisłych
Wydział Medyczny. Collegium Medicum
Wydział Nauk Historycznych
Wydział Nauk Humanistycznych
Wydział Nauk Pedagogicznych
Wydział Prawa i Administracji
Wydział Prawa Kanonicznego
Wydział Społeczno-Ekonomiczny
Wydział Studiów nad Rodziną
Wydział Teologiczny
Do zadań dyrektorów instytutów należy m.in. kierowanie pracami instytutu – przyjęcie odpowiedzialności za jakość działalności naukowej w danej dyscyplinie zmierzającej do uzyskania kategorii A+, A lub B+ w ewaluacji jakości działalności naukowej, przestrzeganie terminowego wdrożenia zaleceń uregulowanych wewnętrznymi i zewnętrznymi aktami prawnymi. Do ich obowiązków należy także przedstawianie dziekanowi rocznego sprawozdania z efektów działalności naukowej instytutu.