Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie powstał w 1999 r., ale jego historia rozpoczęła się dużo wcześniej.
Poprzedniczką UKSW była Akademia Teologii Katolickiej utworzona decyzją rządu PRL w sierpniu 1954 r., czyli w okresie polskiego stalinizmu, z dwóch wydziałów teologicznych – Uniwersytetu Warszawskiego oraz Uniwersytetu Jagiellońskiego. Powstanie państwowej Akademii Teologii Katolickiej zostało źle przyjęte w środowisku kościelnym, gdyż zgodnie z prawem kanonicznym wydziały teologiczne powinny być tworzone lub zatwierdzane przez Stolicę Apostolską. W wyniku sprzeciwu profesorów UJ, tamtejszy wydział pozostał w Krakowie, ograniczając działalność do kształcenia kleryków. Natomiast profesorowie Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Warszawskiego, którego tradycje sięgają 1816 r., rozpoczęli pracę na warszawskich Bielanach, w budynkach odebranych siłą księżom marianom.
Prymas Stefan Wyszyński Wielkim Kanclerzem Akademii
W 1960 r. Stolica Apostolska zgodziła się uznać ATK. Prymas Stefan Wyszyński, arcybiskup warszawski został wielkim kanclerzem Akademii. Natomiast pełne prawa kościelne Akademia Teologii Katolickiej uzyskała w 1989 r. i odtąd stała się uczelnią jednocześnie państwową oraz kościelną.
ATK początkowo miała trzy wydziały: Teologiczny, Prawa Kanonicznego i Filozofii Chrześcijańskiej. Ale władze państwowe nie były zainteresowane rozwojem Akademii. Na studia wolno było przyjmować bardzo małą liczbę studentów (numerus clausus). W 1954 r. 60 nauczycieli akademickich kształciło zaledwie 415 studentów. Dopiero w latach 80. XX wieku zwiększyła się ich liczba. W 1987 r. z części Wydziału Teologicznego utworzono Wydział Kościelnych Nauk Historycznych i Społecznych.
Po przemianach 1989 r. nastąpił dalszy rozwój Uczelni. Nie było już ograniczeń związanych z liczbą przyjmowanych studentów, zatrudniono też więcej wykładowców, otwarto nowe kierunki studiów. W 1999 r. w Akademii funkcjonowały cztery wydziały i jeden instytut Studiów nad Rodziną na prawach wydziału, dziewięć kierunków studiów (teologia, prawo kanoniczne, prawo, filozofia, psychologia, historia, historia sztuki, politologia, nauki o rodzinie). Zatrudnionych było 295 nauczycieli akademickich, kształciło się 8787 studentów.
Powstanie Uniwersytetu
Szybki rozwój Akademii Teologii Katolickiej w latach 90. XX wieku rozbudził nadzieje na przekształcenie jej w uniwersytet. 3 września 1999 r. Sejm Rzeczypospolitej Polskiej uchwalił Ustawę powołującą Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie. Trzeba podkreślić, że powstał nie uniwersytet imienia prymasa Wyszyńskiego, ale jego uniwersytet – dawnego Wielkiego Kanclerza ATK, który od lat 60. XX wieku wspierał rozwój Akademii.
1 października 1999 r. Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego zaczął działać jako państwowa wyższa uczelnia z siedmioma wydziałami: czterema kościelnymi – Teologicznym, Prawa Kanonicznego, Filozofii Chrześcijańskiej oraz Instytut Studiów nad Rodziną, a także Wydziałem Nauk Humanistycznych, Wydziałem Prawa oraz Wydziałem Nauk Historycznych i Społecznych (przekształcony z Wydziału Kościelnych Nauk Historycznych i Społecznych). Już rok później, w 2000 r. powstał Wydział Matematyki, który niebawem został przekształcony w Wydział Matematyczno-Przyrodniczy. Szkołę Nauk Ścisłych. W 2009 r. rozpoczął działalność Wydział Biologii i Nauk o Środowisku, zaś w 2010 r. Instytut Studiów nad Rodziną przeobraził się w Wydział Studiów nad Rodziną. Wydział Medyczny. Collegium Medicum, najmłodszy, dziś prężnie rozwijający się wydział uczelni, powstał w 2018 r. Rok później Wydział Nauk Historycznych i Społecznych został przekształcony w Wydział Społeczno-Ekonomiczny oraz Wydział Nauk Historycznych.
Budowa kampusów
Do 1999 r. ATK była właścicielem małego budynku o powierzchni 3000 m2 w dzielnicy Bielany. Na warszawskich Młocinach dzierżawiła zaś, od 1992 r., niewielki budynek o powierzchni 2000 m2. Rozwój Uczelni wymagał rozbudowy infrastruktury. W 2003 r. kard. Józef Glemp, metropolita warszawski i Wielki Kanclerz UKSW, przekazał uczelni grunty, na których zbudowano trzy budynki, tworzące dziś kampus Dewajtis.
Drugi kampus przy ul. Wóycickiego 1/3 zaczął się rozbudowywać po 2001 r., gdy Urząd Gminy Warszawa Bielany przekazał UKSW w użytkowanie tereny na Młocinach. Jest to obecnie największy kompleks naukowo-dydaktyczny UKSW. W 2008 r. otwarto tu pierwszą część Centrum Edukacji i Badań Interdyscyplinarnych – Auditorium Maximum z Aulą im. Roberta Schumanna na 400 miejsc. W 2015 r. uruchomiono nowoczesne Centrum Laboratoryjne Nauk Przyrodniczych, które dysponuje 50 laboratoriami. Natomiast w 2022 r. Wydział Medyczny. Collegium Medicum przeniósł się do nowo wybudowanego nowoczesnego gmachu. Najmłodszy, trzeci kampus o charakterze naukowo-badawczym znajduje się w podwarszawskim Dziekanowie Leśnym, gdzie powstało Multidyscyplinarne Centrum Badawcze UKSW.